So ungefähr. 
Das Core ist vereinfacht das, was Du als gepackte Datei (.zip) heruntergeladen hast, und dann in Joomla als Erweiterung installierst.
Die vmsite-ltr.css des Cores ist diese:
htt p://w ww.shop.de/components/com_virtuemart/assets/css/vmsite-ltr.css.
Wenn Du jetzt von 2.0.24c auf z. Bsp. 2.0.26d aktualisierst und dazu das volle Virtuemart-Paket herunterlädst, werden alle Dateien im Ordner
htt p://w ww.shop.de/components/com_virtuemart/ überschrieben, auch die vmsite-ltr.css. (Dies ist nur dann NICHT der Fall, wenn Du einen Patch installierst, der nur die vom Entwicklerteam veränderten Dateien einspielt und die vmsite-ltr.css nicht verändert wurde.)
Ein Override wird bevorzugt behandelt: Gibt es einen Override, wird die Override-Datei verwendet, und die originale Datei im Core, eben die
htt p://w ww.shop.de/components/com_virtuemart/assets/css/vmsite-ltr.css., wird ignoriert.
Die verwendete Override-Datei wäre htt p://ww w.shop.de/templates/mein_shop_template/css/vmsite-ltr.css.
Der Override liegt im Template-Ordner. Hier werden von Virtuemart keine Dateien aktualisiert oder hineinkopiert, Virtuemart kümmert sich nur um die Dateien in com_virtuemart, einmal im "Frontend" (/com_virtuemart), und einmal im Ordner /administrator/com_virtuemart). Es werden auch noch andere Dateien kopiert, aber lassen wir die der Einfachheit halber erst einmal außen vor.
Wichtig ist, dass ein Update von Virtuemart im Template-Ordner Deine veränderten Dateien nicht überschreibt, somit bleibt Dein Design erhalten.
Nur eine Kleinigkeit am Rande: Wenn es ein Sicherheitsupdate gibt, dass Dateien betrifft, für die ein Override besteht, dann sollte man die alten Overrides herauswerfen und mit den sicheren neuen Dateien einen neuen Override basteln. Im Allgemeinen sollte dies jedoch nicht so oft der Fall sein, da eventuelle Sicherheitslücken eher nicht in den Dateien vorkommen, für die Overrides erstellt werden, erst recht nicht in CSS-Dateien.
Ich hoffe, das war nicht zu kompliziert erklärt
Stefan