Um Deine Frage klar zu beantworten: Ja, man kann in der Datenbank alles händisch beheben! Aber das ist nicht Sinn eines solchen Systems. Es geht darum, die Quelle des Problems zu finden, und nicht die Auswirkungen zu korrigieren.
Ich kann aus Deinen Aussagen nicht feststellen, was da schief läuft. Ich denke, es hat direkt nichts mit der Datenbank zu tun, deshalb wäre ich mit einem Bearbeiten der Datenbank sehr vorsichtig.
Leider kann ich aber auch ohne die Installation zu sehen, nichts Genaues dazu sagen. Für mich fühlt sich das eher so an, als ob sich da irgendwelche Plugins gegenseitig behindern.
Du könntest versuchen, mit einem Backup zu arbeiten, bei dem noch alles funktioniert und die Schritte nachvollziehen, die dazu führten, dass es nicht mehr funktioniert.