Hallo Maik,
um dir besser zu Helfen, wäre es gut wenn Du uns immer die JoomlaVersion und die VMversion mit nennst.
Auch ist es schwierig gleichzeitig die Probleme mehrerer Customfields zu benennen, da jedes individuell für sich besprochen werden muss.
Generell jedoch würde ich Fields, welche ihr für den Kunden angelegt habt, einfach Deaktivieren bzw. keinem Produkt zuordnen, wenn der Kunde diese nicht braucht. Dann sollten sie auch nicht mehr im Warenkorb zu sehen sein.
Dann kannst Du noch nachsehen, ob Du für ein bestimmtes Field die Warenkorb atribute benötigst oder nicht. Bei einem Mengenfield sollten diese aktiviert sein, damit der Warenkorb die Menge dazurechnen oder abziehen kann.
Soweit nur kurz am Herrentag. Bin selbst nicht Online um genau nachzusehen.
Gruß Faro