Servus,
das mit der unpräzisen Frage ist kein Problem, es hat mich einige Zeit gekostet, das präzise Fragen selbst zu lernen und auch die Nachfragen dazu so zu gestalten, dass dann Antworten mit mehr Informationen erfolgen. Oft ergibt sich dann beim Fragenden schon die Antwort, weil er sich die Frage richtig stellt. 
Wenn Deine Regeln so funktionieren, würde ich es belassen.
Du verwendest die Methode mit den Minus-Mehrwertsteuern, die noch aus den alten Tagen stammte, als man die Standard-Länder-ID nicht angeben konnte. Das jetzt umzustellen macht keinen Sinn, wenn nicht irgendwelche anderen Rabattregeln oder dergleichen verwendet werden, mit denen das kollidiert.
Heutzutage wird normalerweise ein Steuersatz, z. Bsp. 19% für das Land das Verkäufers und den Rest der EU verwendet, und der Steuersatz 0% für die Länder, für die keine MwSt. gilt.
Dazu wird heute im Kundenfeld (virtuemart_country_id) Land die Standard-ID angegeben, im Falle von DE die 81, AT die 14 und so weiter.
Nun wird beim Aufruf des Shops die Standard-ID für den Warenkorb initialisiert und die MwSt.-Regel für die Standard-ID aufgerufen.
Es würde in diesem Fall also von Anfang an die 19% angewendet. Das war früher so nicht möglich, deshalb gab es den Umweg über die Minus-Mehrwertsteuer.
Für den Fall, dass weitere Regeln hinzukommen, könnte hier eine Umstellung Sinn machen, um Fehler bei Berechnungen zu vermeiden.
Wenn es so läuft und die Zahlen stimmen, muss da nicht herumgeschraubt werden.
Grüße
Stefan